La Sentencia del Tribunal Supremo nº 1182/2020 de 17 de septiembre establece que la AEAT está obligada a notificar la liquidación provisional con modificación del valor de mercado de las operaciones vinculadas realizadas por el contribuyente con contrapartes residentes en los Territorios Forales Vascos (y por lógica en Navarra) a dichas contrapartes y a las Administraciones Tributarias del Territorio Foral donde resida la contraparte, para que se puedan personar en el procedimiento regulado en el art. 21 del anterior RIS (actualmente art. 19 RIS).
En concreto, el Tribunal Supremo, en el Fundamento de Derecho Tercero de la Setencia, fija como doctrina que se responde de forma afirmativa a la siguiente cuestión casacional:
“Determinar si el artículo 16.1 del texto refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, aprobado por Real Decreto Legislativo 4/2004, de 5 de marzo; el artículo 21 del Reglamento del Impuesto sobre Sociedades, aprobado por Real Decreto 1777/2004, de 30 de julio; así como los artículos 2, y 14 de la Ley 12/2002, de 23 de mayo, por la que se aprueba el Concierto Económico con la Comunidad Autónoma del País Vasco, por un lado; y los principios generales que informan el Concierto Económico con el País Vasco junto con el principio de buena administración derivado del artículo 103.1 de nuestra Constitución, por otro lado, deben interpretarse en el sentido de que cuando se realice una comprobación tributaria a un sujeto pasivo que abone el impuesto sobre sociedades en territorio común y que esté a su vez vinculado con una entidad que, en función de los puntos de conexión fijados en los artículos 14 y siguientes de la Ley 12/2002, de 23 de mayo, por la que se aprueba el Concierto Económico con la Comunidad Autónoma del País Vasco, deba tributar conforme a la normativa foral vasca, la Agencia Estatal de la Administración Tributaria tiene la obligación de notificar, conforme a la normativa vigente en territorio común, la realización de ajustes de valoración en materia de precios de transferencia a la entidad que tributa conforme a la normativa de los Territorios Históricos Vascos”.
La ausencia de notificación a las contrapartes de la transacción y a la Hacienda Foral correspondiente implicaa la anulación de la liquidación tributaria por violación del procedimiento establecido.